Служба является уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим государственную регистрацию юридических лиц, физических лиц в качестве индивидуальных предпринимателей и крестьянских (фермерских) хозяйств, уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим аккредитацию филиалов, представительств иностранных юридических лиц (за исключением представительств иностранных кредитных организаций), а также уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, обеспечивающим представление в делах о банкротстве и в процедурах банкротства требований об уплате обязательных платежей и требований Российской Федерации по денежным обязательствам.

Федеральная налоговая служба находится в ведении Министерства финансов Российской Федерации.

Федеральная налоговая служба руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, нормативными правовыми актами Министерства финансов Российской Федерации, а также Положением о Федеральной налоговой службе.

Федеральная налоговая служба осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления и государственными внебюджетными фондами, общественными объединениями и иными организациями.

Служба и ее территориальные органы - управления Службы по субъектам Российской Федерации, межрегиональные инспекции Службы, инспекции Службы по районам, районам в городах, городам без районного деления, инспекции Службы межрайонного уровня составляют единую централизованную систему налоговых органов.